Вы все хоть и говорите по делу, но объясняете или не совсем правильно, или вовсе неправильно.
Во-первых, абилка Aura of Silence не работает как триггер - это статическая способность, и она применяется постоянно. И да, она применяется к заклинаниям в стеке, и никак не затрагивает перманенты в игре. Но во-вторых, и это важно понять, абилка Aura of Silence применяется к total cost заклинания, а mana cost и converted mana cost при этом не меняется! Манакост - это то, что напечатано в правом верхнем углу карты (ну или слева на шифтедных картах). Конвертированый манакост - это то же самое, но без учета цвета маны. А вот тотал кост - это сколько мы реально платим за заклинание, с учетом объявленных дополнительных или альтернативных стоимостей, и именно к тотал косту применяются все эффекты удорожания или удешевления. Об этом подробно написано в правиле 409.1f
В вышеприведенном примере конвертед манакост Brass Gnat всегда будет равен 1, даже когда он в стеке, и мы оплачиваем его тотал кост = 3. Поэтому к нему всегда можно будет прикрепить Threads of Disloyalty. Более того, его можно даже отконтрить Prohibit без кикера, поскольку для него конвертед манакост будет меньше двух (1, а не 3!) Все поняли?